Едва ли някой може да твърди с точност кога, откъде и как се е появил марципанът. Произходът на това лакомство е обвит в тайнството на времето и вероятно затова съществуват най-различни истории. Знае се, че още в древността съществувала практиката да се смесват бадеми със сок от захарна тръстика в средиземноморските страни, но също и в Индия. До нас са достигнали сведения, че тази "божествена храна", както я наричали, била запазена за халифите около 800 г. сл.Хр. Разбира се, по това време не може да се говори за марципана, който познаваме днес. Със сигурност обаче е известно, че марципанът се прави от бадеми. Дълго време у нас съществуваше съвсем погрешна представа за това какво представлява марципанът.

Десетилетия наред с тази дума се означаваше шоколадоподобно сладко изделие, което обаче няма нищо с истинския марципан. Корените на сладкото изкушение би трябвало да се търсят в Ориента, където са изключително популярни основните съставки на марципана - бадемите и розовата вода. Първообразът на марципана се появява преди около 1000 години в източната част на Средиземноморието, а в Европа той навлиза през Италия.

В продължение на дълго време марципанът е бил запазена привилегия за кралския двор и аристократите. Причината за това е много проста и се намира в захарта, която по това време се търгувала много скъпо. От ХVІІІ век обаче захарта става много по-достъпна благодарение на все по-интензивното отглеждане на захарна тръстика в колониите, а по-късно и на захарно цвекло. Така марципанът започва да се появява и на по-скромните трапези, но без да губи от предишния си блясък.
Марципанът е познат преди всичко като сладко лакомство, но от старите книги до нас е достигнала информацията, че той се използвал и в медицината заради подсилващите му свойства.

Точно както произходът му, така и самото наименование марципан е обвито в неяснота. Може би най-близко до познатия ни днес марципан стои италианското marzapane. Така се наричало тесто от бадеми, захар, белтък, лимон и ванилия, което представлява и един от шедьоврите на сицилианското сладкарство. Тайната за изработването на това marzapane се пазила дълго време от сестрите в манастира Марторана в Палермо. Името marzapane пък идвало от арабското mauthaban. С тази версия е свързано и пристигането на марципана в Европа през ХІІІ век покрай завръщането на кръстоносците от Светите земи. Исторически източници сочат, че обичаят да се правят най-различни плодове от бадемовото тесто води началото си от 1308, когато на трапезата на папа Климент V поднесли две дървета, украсени с гроздове, смокини, ябълки и други плодове, всички те изработени от marzapane.

За да станат нещата още по-объркани, някои източници споменават, че други едни сестри, но този път от френския манастир Исудан, край Бурж, усъвършенствали древната рецепта за марципана (който на френски се нарича massepain). За този манастир през 1844 споменава и писателят Балзак.  С това обаче версиите за произхода на думата "марципан" не се изчерпват. Възможно начало на тайнственото лакомство може да е така нареченият Marci panis или "хляб на Св. Марко". Във Венеция Св. Марко бил патрон на града. Ако има обаче град, който да е най-тясно свързан с марципана, това безспорно е германският Любек. И тук, разбира се, има история. По време на големия глад през 1407 един от местните хлебари измайсторил бадемовото тесто, тъй като брашното отдавна било свършило, а му останали само захар, яйца, бадеми и розова вода. От тестото той изработил всевъзможни фигурки, за да зарадва децата.

Оттогава приготвянето на марципан се превърнало в традиция не само в Любек, а и в цяла Германия. Бадемовото тесто от Любек обаче добило световна слава заради високото съдържание на бадеми за сметка на ниското съдържание на захар. Най-известният бутик за прочутото лакомство е Niederegger, където се предлагат най-невероятни форми, изработени от бадемово тесто, а производителят гарантира, че две трети от съдържанието е бадеми. Марципановите сладкиши са задължителни за празниците през цялата година, но най-вече на Коледа и Великден.